電子帳簿保存法とは?中小企業がやるべきことをわかりやすく解説【2026年版】

実務マニュアル

電子帳簿保存法とは?中小企業がやるべきことをわかりやすく解説【2026年版】

「電子帳簿保存法」という言葉は聞いたことがあるけれど、結局うちの会社は何をすればいいの?——そんな疑問を持つ中小企業の経理・総務担当者に向けて、制度の全体像から具体的な対応方法までをわかりやすくまとめました。難しい法律用語はできるだけ使わず、実務で必要なポイントに絞って解説します。

電子帳簿保存法とは

電子帳簿保存法(略称:電帳法)は、請求書・領収書・帳簿などの国税関係書類を、紙ではなく電子データで保存するためのルールを定めた法律です。1998年に制定され、何度かの改正を経て、2024年1月に大きな転換点を迎えました。

2024年1月以降、メールやクラウドサービスなど「電子的にやり取りした取引データ」は、電子データのまま保存することが義務になっています。紙に印刷して保存するだけでは要件を満たせなくなりました。

対象はすべての法人・個人事業主です。会社の規模は関係ありません。

3つの保存区分を理解する

電帳法は、保存するデータの種類によって3つの区分に分かれています。まずはこの全体像を把握しましょう。

区分 内容 義務 or 任意 具体例
電子帳簿等保存 会計ソフトで作成した帳簿・決算書をデータのまま保存 任意 仕訳帳、総勘定元帳、貸借対照表など
スキャナ保存 紙で受け取った書類をスキャン・撮影して画像データで保存 任意 紙の請求書・領収書をスキャンしたもの
電子取引データ保存 電子的にやり取りした取引データをそのまま保存 義務(2024年1月〜) メール添付のPDF請求書、ECサイトの領収書など

ポイントは、「電子帳簿等保存」と「スキャナ保存」は任意であるのに対し、「電子取引データ保存」だけが全事業者に義務であることです。つまり、紙の帳簿をこれまでどおり紙で保存し続けることは問題ありません。対応が必要なのは「データで受け取ったもの」だけです。

義務化されたのは「電子取引データ保存」だけ

2024年1月に義務化されたのは、3つの区分のうち「電子取引データ保存」のみです。まずは自社にどんな電子取引があるかを把握しましょう。

こんなものが「電子取引」に該当します

  • メールに添付されたPDFの請求書・見積書・領収書
  • Amazon・楽天・モノタロウなどECサイトでダウンロードした領収書
  • クラウド請求書サービス(freee、マネーフォワードなど)で受け取った書類
  • 電子契約サービス(クラウドサインなど)で締結した契約書
  • 交通系ICカード・ETCの利用明細データ
  • EDI(電子データ交換)で受信した取引データ
  • FAXの複合機保存データ(ペーパーレスFAX)

意外と見落としがちなのが、ECサイトの領収書や交通系ICカードの明細です。普段何気なくダウンロードしているものも「電子取引」に含まれます。

電子取引データ保存の2つの要件

電子取引データを保存する際には、「真実性の確保」と「可視性の確保」の2つの要件を満たす必要があります。

要件1:真実性の確保(改ざんを防ぐ仕組み)

保存したデータが改ざんされていないことを担保する仕組みが必要です。以下の4つの方法のうち、いずれか1つを実施すれば要件を満たせます。

方法 内容 中小企業での導入しやすさ
タイムスタンプ(送信側) 取引先がデータにタイムスタンプを付けて送信 相手方の協力が必要なため困難
タイムスタンプ(受信側) 受領後、最長約2ヶ月+7営業日以内にタイムスタンプを付与 システム導入が必要
訂正・削除防止システム 履歴が残る、または修正できないシステムを利用 対応ソフトの導入が必要
事務処理規程の整備 「不当な訂正削除の防止に関する事務処理規程」を作成し運用 最もシンプル(おすすめ)

中小企業にとって最も取り組みやすいのが「事務処理規程の整備」です。詳しくは後述します。

要件2:可視性の確保(探せる・見られる状態にする)

保存したデータをいつでも確認できる状態にしておく必要があります。

  • 見読可能な環境:パソコン・ディスプレイ・プリンタで表示・印刷できること
  • システム概要書類の備え付け:操作マニュアル等を用意すること
  • 検索機能の確保:「取引年月日」「取引金額」「取引先」で検索できること

検索機能については、売上高が一定以下の企業には免除措置があります(後述)。

中小企業に最もシンプルな対応方法

専用のシステムを導入しなくても、以下の3つを実施すれば対応できます。

1. 事務処理規程を作成する

「不当な訂正削除の防止に関する事務処理規程」を作成し、社内で運用します。国税庁の公式サイトで、法人向け・個人事業主向けのひな形(Wordファイル)が無料で公開されています。自社の実情に合わせて社名や責任者名を修正するだけで使えます。

2. ファイル名にルールを設ける

保存するファイルの名前を、以下のような規則で統一します。

ファイル名の例20260306_株式会社○○_55000.pdf

「取引年月日」「取引先名」「金額」をファイル名に含めることで、パソコンのファイル検索機能を使って探せるようになり、検索要件を満たせます。

3. フォルダを整理して保存する

保存先のフォルダを「年月」や「取引先」ごとに分けて整理します。メールの受信ボックスに放置せず、社内の共有フォルダやクラウドストレージに集約することがポイントです。

フォルダ構成の例

電子取引データ/
├── 2026年/
│   ├── 01月/
│   │   ├── 20260115_A商事_33000.pdf
│   │   └── 20260120_B工業_88000.pdf
│   ├── 02月/
│   └── 03月/

この方法であれば、新たなシステム導入や費用は不要です。既存のパソコンとフォルダ管理だけで対応できます。

知っておきたい猶予措置・免除措置

検索要件の免除(売上高5,000万円以下)

前々事業年度の売上高が5,000万円以下の事業者は、税務調査の際にデータの提出に応じられれば、検索機能の確保が免除されます。つまり、ファイル名のルール化や索引簿の作成は必須ではなくなります。

ただし、実務上はファイル名に日付・取引先・金額を入れておくと、自分たちの業務が楽になるため、対応しておくことをおすすめします。

猶予措置(相当の理由がある場合)

「システム整備が間に合わない」「人手が足りない」「資金に余裕がない」などの相当の理由がある場合、以下の2つの条件を満たせば、改ざん防止措置と検索機能の確保がすべて不要になります。

  1. 税務調査時に電子取引データの提出(ダウンロード)に応じられること
  2. そのデータを紙に印刷して提示・提出できること

この猶予措置を利用するために税務署への事前申請は不要です。ただし、あくまで「猶予」であり、いずれは正式な対応が求められます。

対応しないとどうなる?罰則について

電帳法への未対応に対する罰則は、段階的に適用されます。

罰則 内容
青色申告の取消し 帳簿書類の保存が不適切と判断された場合、青色申告の承認が取り消される可能性があります。65万円の特別控除が適用されなくなります
重加算税の10%加重 電子データの改ざん・隠蔽が発覚した場合、通常の重加算税に10%が上乗せされます
過料 帳簿書類を適切に保存しなかった場合、会社法により100万円以下の過料が科される可能性があります

ただし、国税庁は「電子取引データの保存要件を満たしていない場合でも、正しく記帳・申告されており、紙等で内容を確認できれば、直ちに青色申告が取り消されるものではない」と表明しています。いきなり最も厳しい処分が行われるわけではありませんが、早めの対応が望ましいです。

実務の5ステップ

ステップ1:電子取引を洗い出す

自社で発生している電子取引をすべてリストアップします。メール受信の請求書、ECサイトの領収書、クラウドサービスの明細など、漏れがないように確認しましょう。

ステップ2:保存方法を決める

専用システムを導入するか、事務処理規程+ファイル名ルールで対応するかを決めます。まずはシステム不要の方法から始め、件数が増えてきたら導入を検討するのも一つの進め方です。

ステップ3:事務処理規程を整備する

国税庁のひな形をダウンロードし、自社用にカスタマイズします。責任者名、保存場所、運用ルールなどを記入し、社内で共有します。

ステップ4:保存先を一本化する

電子取引データの保存先を、社内の共有フォルダやクラウドストレージ(Google Drive、OneDriveなど)に統一します。個人のパソコンやメールボックスに散在しないようにしましょう。

ステップ5:社内に周知する

ファイル名のルール・保存先・事務処理規程の内容を従業員に共有します。月次で保存漏れがないかチェックする仕組みを作っておくと安心です。

よくある質問

Q. 紙の請求書はこれまでどおり紙で保存していいのですか?

A. はい。紙で受け取った請求書は、これまでどおり紙のまま保存できます。義務化されたのは「電子的にやり取りしたデータ」の保存だけです。紙の書類をスキャンして電子保存する「スキャナ保存」は任意です。

Q. メールで受け取ったPDF請求書を印刷して保存するだけではダメですか?

A. 原則として、それだけでは不十分です。メールで受け取ったPDFは「電子取引データ」に該当するため、電子データのまま保存する必要があります。ただし、猶予措置(相当の理由がある場合)を利用すれば、データ保存に加えて印刷した書面の提示で対応できます。

Q. 税務署への届出や申請は必要ですか?

A. 不要です。以前は事前承認制度がありましたが、現在は廃止されています。電子取引データの保存にあたって、税務署への届出は一切必要ありません。猶予措置の利用についても事前申請は不要です。

Q. 会計ソフトを使っていれば自動的に対応できますか?

A. 多くのクラウド会計ソフト(freee、マネーフォワード、弥生など)は電子帳簿保存法に対応した機能を備えています。ただし、会計ソフトに取り込んでいないデータ(たとえばメール添付のPDFやECサイトの領収書など)は、自分で保存ルールを決めて管理する必要があります。

Q. 保存期間はどのくらいですか?

A. 法人の場合、原則として7年間です。繰越欠損金がある場合は最大10年間の保存が必要です。個人事業主の場合は原則5年間(一部書類は7年間)です。

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